肛拭子采样主要针对通过粪-口途径传播或在消化道中高度富集的病原体。
对于诺如病毒、轮状病毒以及手足口病等肠道病毒，消化道是其主要的复制场所。通过肛拭子直接获取直肠末端的脱落细胞及分泌物，是确诊病毒性腹泻的首选手段。
在医院感染控制中，肛拭子被广泛用于定植菌的筛查，特别是针对：
耐碳青霉烯类肠杆菌
耐万古霉素肠球菌
通过早期筛查，可以有效预防病房内的交叉感染。
部分呼吸道病毒（如新冠病毒）不仅侵犯肺部，也会在肠道上皮细胞内复制。研究表明，在某些感染者呼吸道样本转阴后，粪便样本仍可能持续呈阳性。因此，肛拭子常作为出院前的复核或精准追踪的辅助手段。
对于蛲虫等寄生虫感染，由于其代谢产物或虫卵常分布于肛周，肛拭子采样比传统的粪便送检更具针对性。
相比于采集液态粪便或咽拭子，肛拭子在临床操作中展现出显著的技术优势：
| 维度 | 优势说明 |
| 检出率与排毒期 | 对于肠道病毒，粪便中的病毒载量通常高于呼吸道。且病原体在消化道的排毒时间往往长于呼吸道，能显著降低“假阴性”概率。 |
| 采样稳定性 | 肛拭子采集的是直肠粘膜表面的分泌物，相比于受饮食干扰较多的普通粪便标本，其成分相对稳定，更有利于核酸提取的纯度。 |
| 操作便捷性 | 在临床实际操作中，获取新鲜粪便标本往往受限于患者的排便意愿。肛拭子可以实现即时采样，无需等待，极大缩短了诊断周期。 |
| 特殊人群适用性 | 对于婴幼儿、神志不清或行动不便的失能老人，肛拭子采样比强制留取粪便或诱导咳痰更加高效、规范。 |
为了保证检测结果的可靠性，肛拭子采样需遵循严格的操作规范：
置入深度： 采样拭子需轻轻插入肛门内约 2–3 厘米。
有效旋转： 在直肠内褶皱处轻轻旋转并停留，以确保拭子头部吸附足量的粘膜分泌物。
视觉确认： 观察拭子头部，应肉眼可见明显的粪便污渍或黄色分泌物，否则视为采样无效。
保存介质： 采样后应立即放入含有灭活型或非灭活型病毒保存液的采样管中，确保核酸（RNA/DNA）的稳定性。
肛拭子并非咽拭子的下位替代，而是针对特定感染途径的最佳选择。在诺如病毒暴发或多重耐药菌监控中，它凭借高载量检测、长检测窗口期以及高采样依从性，成为了临床微生物学不可或缺的利器。
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