直肠拭子和粪便拭子采集样本是分析肠道微生物群的两种常见方法。粪便拭子采集的粪便样本被认为是肠道微生物群的代表，而直肠拭子则被认为能捕捉到肠道和粘膜群落的组合。然而，直肠拭子能很好地替代粪便样本吗？
直肠拭子和粪便样本的微生物组成有何不同？
2021 年的一项研究显示，直肠拭子和粪便之间的微生物组成存在差异，拭子显示出更高的α多样性。与粘膜样本相比，拭子样本的分类学特征各不相同，但更为相似。拭子中富含某些菌属，如丙酸杆菌和普雷沃特氏菌，而粪便中则含有较多的甲烷杆菌。总的来说，拭子似乎能捕捉到管腔微生物和粘膜微生物的混合物。
直肠拭子和粪便样本中微生物组数据的一致性如何？
在分析微生物组与 BMI 和抗生素使用等宿主因素之间的关联时，粪便和直肠拭子之间的结果高度一致。这表明直肠拭子可以作为粪便的合理替代物，尤其是在粪便采集困难的情况下。但在某些情况下，直肠拭子并不能完全再现粪便微生物群。
直肠拭子能否取代粘膜活检？
粘膜样本在分类和功能上都有别于管腔粪便和拭子。此外，粘膜样本和其他样本与宿主因素的关联也各不相同。因此，直肠拭子不能完全替代粘膜活检来研究肠道粘膜相关微生物。
因此，直肠拭子提供的微生物组图谱在分类和途径方面与粪便样本相对一致。因此，当粪便采集不可行时，直肠拭子有可能代替粪便。然而，拭子并不能复制粪便或粘膜样本的所有方面。生物样本的选择会影响研究结果。
参考文献
Sun S, Zhu X, Huang X, Murff HJ, Ness RM, Seidner DL, Sorgen AA, Blakley IC, Yu C, Dai Q, Azcarate-Peril MA, Shrubsole MJ, Fodor AA. On the robustness of inference of association with the gut microbiota in stool, rectal swab and mucosal tissue samples. Sci Rep. 2021 Jul 21;11(1):14828. doi: 10.1038/s41598-021-94205-5. PMID: 34290321; PMCID: PMC8295290.
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